穿城镇的气候参照泗阳县气象站历史数据，总体为暖温带向亚热带过渡的季风气候，四季分明。

冬季（12月至2月）冷空气活跃，最冷月1月平均高温7℃、低温-1℃左右，极端低温曾达-10℃（2025年2月8日）；夏季（6月至8月）受副热带高压影响，最热月7月平均高温33-35℃，极端高温达40℃（2025年7月5日），体感闷热。

降水集中时段在6月至9月，尤其是7月和8月雨日明显偏多，例如2023年7月雨日达24天，2025年8月降水高达1367.3毫米，期间常伴有短时强降雨，需注意农田排涝和出行防雨。

春季和秋季气温起伏较大，3月至4月和10月至11月日均温差在10℃以上，早晚凉意明显。

作为平原乡镇，穿城镇的风速较县城略大（无遮蔽物），夏季午后雷阵雨时阵风可能更强；冬季清晨辐射降温明显，露地蔬菜和苗木需防霜冻。

与县城相比，由于下垫面以农田为主、热岛效应弱，夜间降温可能更快，昼夜温差略大，但具体差值无实测数据。