参照肇源县气象站的历史数据，新站镇的气候表现为冬夏分明、春秋急促。

冬季漫长严寒，以一月为例，平均高温仅-10℃左右，平均低温则降至-22℃，极端最低气温曾跌至-30℃（2023年1月23日）。

夏天温热多雨，七月平均高温在28~30℃之间，平均低温约20℃；降水集中在6~8月，2025年7月单月降水量达756.7毫米，雨日也达到13天，这个月份体感潮湿闷热。

春季回暖快，但气温仍不稳定，三四月间最高温可从几度跃升至二十度以上；秋季降温迅速，十月后气温明显下降。

整体来看，全年降水量约3094毫米（统计时段内总雨日347天），极端最高气温39℃（2024年6月19日）。

由于新站镇靠近嫩江，地势开阔且水汽充足，冬季江面附近的风力可能比县城更强，体感更冷；夏季受水域调节，相对湿度偏大，高温闷热感较县城更为明显。

春季江河解冻前后，沿岸多雾或大风天气，出行需留意视线和防风。